ویژگی های شخصیتی امام ششم را همگی بر علمی بودن ایشان می‌شناسیم. امامی که توانست دوران طلایی نهضت و مکتب اسلامی را رقم زند و دین اسلام را در عصر خویش نهادینه کند.

در دوران ما قبل امام صادق جنگ و ستیز بر سر به رسمیت شناختن اسلام به عنوان دینی اکمل بود. مذهبی که خلفا و پادشاهان عصر امامان خمسین با شیوه و روش‌های مختلف موانع و سدهای محکمی را برای عدم ترویج آن بهره می‌بردند. به همین دلیل آنچنان که بایسته و شایسته بود، امامان ما قبل عصر امام صادق (ع) نتوانستند الگوهای فکری وعملی دین اسلام را بسط و تکثیر دهند.

اما آنچه دوره امامت حضرت امام صادق (علیه السلام) را برای نهضت بزرگ علمی فکری و فرهنگ و دینی مهیا ساخت مبارزات حکومت اموی وعباسی بود، چون قیام‌های مسلحانه به دلیل اقتدار حکام اموی و عباسی عموما با شکست رو به رو می شد، نهضت امام صادق (علیه السلام) به سوی حرکتی علمی می‌توانست سوق پیدا کند تا از این گذر علاوه بر پایان دادن به رکود و سکوت مرگبار فرهنگی، اختلاط و التقاط مذهبی و دینی و فرهنگی نیز زدوده شود که ایشان با موقع شناسی خاص کوشید با ابزارعلمی خود دین مبین اسلام در سرتاسر گیتی زمان خویش بگستراند. 

امام جعفر (ع) با استفاده از علم و عمل بی کران امامت، و با تربیت دانش طلبان و حقیقت خواهان به عنوان بنیان‌گذار فکری و علمی مذهب تشیع شود.
اما اهداف امام صادق در برنامه های فرهنگی را می توان موارد ذیل دانست؛

1- مقاومت و روشنگری در برابر امـواج کفرآمیز و شبهه های گمراه کننده
2- تقویت و گسترش اعتقادات درونی و بیرونی به مکتب و نظام
3- چاره جویی جهت نادانی و جهل امت
4- برطرف کردن مشکلات ناشـی از انحراف حکـومت

اولویت در نهضت امام از یک سو بر ترویج و شکوفایی فرهنگ مذهبی و پاسخگویی به شبهات و رفع التقاط شکل گرفت و از سوی دیگر نیز برای رفع انحرافات ویژه نیز تلاش‌های بسار نمود.

تلاش آن حضرت از طرفی مقابله با امـواج ناشناخته و فاسد اوضاع سیاسـی عهد امـویان وعباسیان بـود که انحرافات عقیدتـی آن، بیشتر معلـول ترجمه کتاب‌های یـونانی و فارسـی و هندی و پدید آمدن گروه‌های خطـرناک از جمله غلات و زنـدیقان و جـاعلان حـدیث و اهـل ر?ی و متصـوفه بـود که زمینه‌هـای مسـاعد رشـد انحـراف را به وجـود آورده بـودنـد.

انحرافات ویژه‌ی نیز برخی مانند ابوحنیف بوجود آوردند که اگر امام صادق در برابر آن ایستادگی نم یکرد شاید صدمات جبران ناپذیری به دین و مکتبی که امام مروج آن بود وارد می‌کرد. آنچه از مرام ابوحنیفه در عراق گریبان شیعیان را گرفته بود، انحرافی به عنوان مذهب قیاس نام داشت: لذا امام با تلاش فکری و فرهنگی خود در محو مبانی مذهب قیاس و استحسان تلاش زیادی نمودند.

مبارزه با برداشت‌های جاهلانه و قرائت‌های سلیقه‌ای از دین نیز در مکتب امام جایگاه ویژه‌ای داشت و حضرت علاوه بر حرکت کلی و مسیر اصلی، به صورت موردی با این انحرافات مبارزه می‌کرد.

امام (علیه السلام) در برابر تمامی آنها ایستادگی کرد و در سطح علمی، با همه مشاجره و مباحثه کـرد و خط افکارشان را بـرای ملت اسلام افشاء نمـود و از طـرف دیگـر با تلاش‌های خستگـی ناپذیر، مفاهیـم عقیدتـی و احکام شریعت را منتشر ساخت و آگاهـی علمی را پراکند و تـوده‌های عظیـم دانشمندان را به منظور آمـوزش مسلمانان مجهز ساخت.

امام صادق (علیه السلام) مسجـد پیامبر را در مدینه مـحـل تـدریـس خـویش قرار داد و مردم دسته دسته از دور و نزدیک به آنجا مـی‌شتافتند و سـؤالات گوناگـون خـود را مطرح و جـواب لازم را دریافت مـی‌نمـودند.

امام صادق (علیه السلام) به پیروان خود فرمان داد که به حاکـم منحرف پناه نبـرند و از داد و ستـد و همکاری با او خودداری کننـد و به اصحاب و دوستان خـود سفارش مـی‌کـرد که در هر کار، مخفیانه عمل کنند و تقیه را رعایت نماینـد و در هر عملـی که انجام می‌دهند، توجه کامل داشته باشند که دشمنان مخالفانشان متـوجه آن نشونـد.

امام صادق (علیه السلام) دوش به دوش نهضت عظیم علمی و انقلاب فرهنگی، در هر فرصتی به طاغوت زدایی پرداخت. او هرگز تسلیم طاغوت‌های عصرش نشد، بلکه همواره با آنها در ستیز بود و سرانجام در همین راستا او را شهید کردند.

آن حضرت گر چه قیام را محکوم کرد ولی در مورد قیام مسلحانه به یکی از شاگردانش به نام سدیر که در کنار چند عدد گوسفند توقف کرده بودند، فرمود: ((
والله لو کان لی شیعه بعدد هذه الجداء ما وسعنی القعود ))؛ سوگند به خدا اگر شیعیان (راستین) من به اندازه تعداد این بزغاله‌ها بودند، خانه نشینی برایم روا نبود و قیام می‌کردم. وقتی که سدیر آن بزغاله‌ها را شمرد، هفده عدد بودند.

عصر امام صادق (علیه السلام) همزمان با دو حکومت مروانی و عباسی بود که انواع تضییق‌ها و فشارها بر آن حضرت وارد می‌شد.

و امام آنچنان که زمان و عصر خویش برایش فراهم نموده بود با هوشیاری و آگاهی توانست تا حدود زیادی از جریان‌های منحرف اعتقادی را که با هدف اختلاط و التقاط فکری و فرهنگی بوجود آمده بودند، مبارزه و در نهایت محو و نابود نماید.